Die Werra ist vielerorts durch salzige Abwässer der ehemaligen Kaliindustrie, durch Stauanlagen, Quermauern, Uferbefestigungen und -begradigungen stark beeinträchtigt. Wo natürliche Überschwemmungsflächen, Ufervegetation, und natürliche Uferstrukturen wie Prall- und Gleithänge sowie Kies- und Sandbänke fehlen, haben viele am Fluss lebende Arten weder Nahrungsgrundlage noch Laich- oder Brutplatz.
