Das Einzugsgebiet der Werra und ihrer Nebenflüsse umfasst insgesamt 5496 km². Die Werra weist besonders im Ober- und Mittellauf noch viele naturnahe Gewässerstrecken auf. Immerhin sind ca. 20 % des Flusslaufes den Gewässerstrukturgüteklassen 1-3 (sehr gut bis mäßig beeinträchtigt) zuzuordnen. Ein Großteil dieser Abschnitte liegt im Oberlauf des Flusses. Trotz relativ vieler unpassierbarer Querbauwerke ist die Fisch- und Makrozoobenthosfauna noch in relativ typischer Zusammensetzung vorzufinden. Besonders die sauberen und strukturreichen Abschnitte der Oberläufe, die der Forellen- und Äschenregion zuzurechnen sind, bilden wichtige Reproduktionshabitate für kieslaichende Fischarten.
Die Werra ist eines der wichtigsten Fließgewässer im Freistaat Thüringen und innerhalb der Umsetzung der EU-Wasserrahmenrichtlinie als ein landesweit prioritär zu entwickelndes Gewässer ausgewiesen.
