Ökologische Durchgängigkeit wieder herstellen. Vor allem für die verschiedenen Wanderfischarten, unter anderem auch für den Lachs ist eine longitudinale Durchgängigkeit der Werra notwendig. Diese ökologische Durchgängigkeit für Fische und Makrozoobenthos wird auch von der Europäischen Wasserrahmenrichtlinie für einen Guten Zustand der Gewässer bis 2015 gefordert.
Hochwasserrückhaltebecken bei Grimmelshausen. Das Betonbauwerk verhindert jede Wanderung flussaufwärts
Ein konkretes Projekt ist der Umbau des Hochwasserrückhaltebeckens bei Grimmelshausen. Dazu wurde 2003 eine Machbarkeitsstudie gestartet, mit der die verschiedenen Varianten des Umbaus untersucht werden. Ziel ist die Wiederherstellung der ökologischen Durchgängigkeit unter Beibehaltung des bisherigen Hochwasserschutzes.
Förderung der naturverträglichen Auennutzung und der Uferrandstreifen, Förderung der Auwaldentwicklung, Wiederanbindung von Altarmen.
Solche naturnahen Auwaldstrukturen finden sich noch an einigen Werraabschnitten.
