Das Thema Müllverbrennung beschäftigt den BUND Thüringen seit Jahren in den verschiedenen Regionen: Die umkämpfte MVA in Rudolstadt ist gebaut worden. In Erfurt war der langjährige Widerstand gegen den Bau einer Müllverbrennungsanlage nur begrenzt erfolgreich. Obwohl Alternativkonzepte vorlagen und Nutzer aus dem Umland absprangen, wurde der Bau einer Verbrennungsanlage mit vorgeschalteter Kompostierung genehmigt. In Zella-Mehlis (Kreis Schmalkalden-Meiningen) wurde ebenfalls trotz eines durch Spenden finanzierten BUND-Gutachtens mit dem Bau einer überdimensionierten Müllverbrennungsanlage begonnen. Ungünstige Standortbedingungen und die von Fachleuten aufgezeigten Mängel und Schwachstellen bei der Berechnung zur Luftschadstoffausbreitung lassen hier eine massive Verschlechterung der Lebensqualität befürchten. Der BUND fordert hochwertige Filtertechniken, um gesundheitliche Risiken zu mindern. 2006 begann auch im hessischen Heringen das dreitägige Erörterungsverfahren zum Bauantrag einer Müllverbrennungsanlage auf dem Werksgelände der Firma Kali+Salz. Der BUND Thüringen befürchtet einen erheblichen Anstieg der Schadstoffbelastungen, die bei dem vorherrschenden Südwestwind zum großen Teil die angrenzenden Thüringer Gemeinden und FFH- und Vogelschutzgebiete erreichen würde. Auch Kommunen und die Bürgerinitiative „Für ein lebenswertes Werratal“ leisten Widerstand gegen die Müllverbrennungsanlage.